冷凍干燥機原理是將含水物品預先凍結，然后將其水分在真空狀態下升華而獲得干燥物品的一種方法。經冷凍干燥處理的物品易于長期保存，真空冷凍干燥機加水后能恢復到凍干前的狀態并保持原由的生化特性。對于熱敏物質如抗菌素、疫苗、血液制品、酶激素和其它生物制品，冷凍干燥更能顯示其*性。

1、制備樣品應盡可能擴大其表面積，其中不得含有酸堿物質和揮發性有機溶劑。樣品必須*凍結成冰，如有殘留液體會造成氣化噴射。注意冷阱約為零下65度，可以做低溫冰箱使用，但必須戴保溫手套操作防止凍傷。
2、啟動真空泵以前，檢查出水閥是否擰緊，充氣閥是否關閉，有機玻璃罩與橡膠圈的接觸面是否清潔無污物，良好密封。一般情況下，該機不得連續使用超過48小時。

4、啟動制冷機，預冷30分鐘以上。將樣品放入樣品架，蓋上有機玻璃罩，并啟動真空泵。待氣壓數顯穩定后，記錄溫度和氣壓數值。 
5、樣品在冷凍過程中，溫度逐漸降低，可以將樣品取出回暖一段時間后(仍處于冰凍狀態)，繼續干燥，以縮短干燥時間。
6、紀錄真空冷凍干燥機械停機前的溫度和氣壓數值。 
7、按住控制面板的充氣閥，并立即關閉真空泵。氣壓數顯為大氣壓時，打開有機玻璃罩，取出樣品。 
8、關閉制冷機，按住總開關鍵三秒以上，后關閉總電源開關。等冷阱中的冰*化成水后，打開機箱左側的出水閥放水，并用干布清潔冷阱內壁，蓋上大張濾紙防塵。